如何控制廢水零排放系統的運行成本，從業主的角度來說，首先是要選擇一家專業從事廢水零排放系統工程的設計、制造、安裝、調試一條龍的一家機構，幫助業主從剛開始的環評階段，到后面簽訂合同后的詳細設計、施工以及交付。

找到一家或幾家專業的從事廢水零排放業務的環保公司后，便可以開始比選設計方案了，廢水零排放處理設計方案中一般會包含工藝流程、設備清單、裝機功率、運行成本、占地面積等這些內容，業主這時候可以對幾家或幾種方案進行比選。不同的廢水零排放處理的設計方案，從一次性投資、運行成本、占地面積、自動化程度等維度來看，差別非常大，不能單一只看一次性投資，否則設備檔次和質量會有很大的差距，如果要比較的話，較合適的是把設備檔次和運行成本框定好，再去比較價格，或者是先定好預算，在一定的價格區間內，去比較不同的環保公司或不同的方案之間的運行成本、占地面積、自動化水平的差距。只有這樣比較才是有實際意義的比較，業主才能得出自己心目中極想要的方案和符合心里預期的投資預算。

下一步，方案比選完成，選定一家環保公司，準備跟其中一家簽訂廢水零排放處理系統的供貨合同時，要考慮將運行成本寫進合同里，這樣對雙方才是有約束的，避免后期因為界限模糊或約定不清楚而產生異議，也避免業主能投資得起廢水零排放設備，后期不堪高昂的運行成本而苦惱不已。畢竟，對于廢水零排放處理系統來說，運行成本特別是電費或蒸汽消耗量，是一項很重要的衡量指標。