環境監測實驗室在處理廢水污染物時，不同的廢水需要采用不同的防治措施，所以，環境監測實驗室必須合理、科學地分類處理廢水污染物，杜絕出現混亂儲存的情況。如果分類不好，還可能會發生二次化學反應。在處理酸堿廢水時，可以采取中和處理的方法，即利用大量的水稀釋它，使其達到可排放的標準。在處理含有重金屬元素的廢水時，可以采用電解的方法，利用直流電使其產生氧化還原的化學反應，讓重金屬元素等污染物質在陰極上發生直接性的還原。對于部分可回收的有機廢水，可以采取蒸餾或干燥等回收方式，然后再次利用。不可回收的有機廢水則可以利用多種廢水處理的新技術，比如使用Fenton試劑。對于含有砷或氰等劇毒的廢水，可以分別采用絮凝共沉法和堿性氯化法。對于生物毒性廢水，可采用高溫滅活的方法。此外，對于無廢水處理條件的實驗室，應該嚴格分類廢水，用特定的裝置容器收集廢水，并貼上標簽，注明該廢水的污染性質和收集日期，密封保存，以便于后期的移送處理管理。

環境監測實驗室應加強治污能力，建立健全廢水處理制度及相關規定，重視先進技術的推廣應用。工作過程中，實驗室工作人員應秉承綠色、環保、安全、健康的實驗理念，以無毒替代有毒，以低毒替代高毒，以少量替代大量。充分利用、循環使用、回收利用各類物質，將實驗監測對環境的負面影響降到最小值。